تم إغلاق القاعدة إلغاء المطار في جزيرة جونستون يوم 15 يونيو عام 2004.
في عام 2003، تمت إزالة جميع الهياكل والمرافق، بما في ذلك تلك المستخدمة في مؤسسة جزيرة جونستون المرجانية للتخلص من المخلفات الكيميائية JACADS، وتم إغلاق المدرج.
في 22 أغسطس 2006، ضرب الجزيرة إعصار يوك.
وعبر الجزيرة المرجانية بسرعة 100 ميل بالساعة (160كم بالساعة).
في 9 ديسمبر 2007، قام خفر السواحل الأمريكي باستخدام المدرج في جزيرة جونستون لإنقاذ صياد تايواني مريض ومن ثم نقله إلى أواهو في هاواي.
الصياد التايواني تم إنقاذه من سفينة صيد تايوانية بتاريخ 6 ديسمبر 2007.
وقد تم نقل الصياد من الجزيرة بواسطة طائرة انقاذ إلى كودياك في ألاسكا.
وقد أعلن الرئيس جورج بوش في يوم 6 يناير 2009 الجزيرة كمعلم من المعالم الوطنية الأمريكية البعيدة في المحيط الهادئ.
التسميات
ولايات متحدة