إن تنفيذ المنهج المحوري يواجه صعوبة تتطلب العمل على تذليلها، وهذه الصعوبات أبرزها:
1- أن معظم المدرسين في حاجة الى تدريب خاص على دورهم في المنهج المحوري، واذا لم يتحقق لهم هذا التدريب فإن نجاحهم يكون ضئيلاً.
2- أن كثيراً من المدرسين يشعرون بعدم اطمئنان في المنهج المحوري لأن نشاط المدرس في هذا المنهج لا يقتصر على الحدود الضيقة للمادة الدراسية التي يختص فيها.
وحتى حين يتصل المدرس بالمختصين في المواد أو الميادين الأخرى فإن هذا الاتصال يتطلب منه فهماً خاصاً ومهارة معينة لم يكونهما في أثناء إعداده السابق.
3- يحتاج تنفيذ المنهج المحوري إلى ناظر مدرسة (مدير مدرسة) يتحمس لهذا المنهج فييسر له الإمكانات اللازمة، ويشجع المدرسين على القيام بالتخطيط الجماعي، والتخطيط التعاوني مع التلاميذ، والتخطيط الفردي، كما ييسر قيام التلاميذ بألوان النشاط المتنوع اللازم، وقلة صغيرة من النظار(المديرين) تجدهم من هذا النوع.
4- يحتاج هذا المنهج إلى مدرسة صغيرة وحجرات دراسة غير مزدحمة بالتلاميذ لينجح نجاحاً ملحوظاً، وهذا أمر يتعذر لأن معظم مدارسنا في الوقت الحاضر مزدحمة بالتلاميذ.
5- إن معظم العمل في هذا المنهج لا يتمشى مع قيام المدرسة الثانوية بإعداد التلاميذ للتعليم العالي الذي يتطلب دراسة مقررات خاصة، وإذا أهلمت هذه المقررات أيضاً في خارج المحور فإن التلاميذ لا يتم إعدادهم المطلوب.
6- عدم كفاية القراءات اللازمة المناسبة في المدرسة، وعدم كفاية الوسائل والأدوات التعليمية اللازمة، وضيق حجرات الدراسة على نحو لا يسمح بالنشاط المطلوب.
التسميات
مناهج تربوية