في 28 أبريل 2006 شهد الانسحاب الكامل من أبوظبي بعدما قررت إنشاء شركة طيران خاصة بها وهي الاتحاد للطيران.
طيران الخليج غيرت مقر عملياتها إلى المحور المزدوج بين مطارات البحرين ومسقط.
نشرت الشركة سلسلة من الاعلانات في الصحف المحلية شاكرا أبوظبي لمساهمتها في شركة طيران الخليج.
نظرا لكونها الناقل الوطني لدولة الإمارات العربية المتحدة لأكثر من 35 عاما فإن لديها قاعدة كبيرة من العملاء في أبوظبي.
سعت شركة طيران الخليج لإظهار الدعم المستمر للرحلات إلى أبوظبي من البحرين ومسقط وربط لبقية شبكة طيران الخليج عن طريق وضع إعلانات في الصحف المحلية.
استقال جيمس هوجان من منصب الرئيس والرئيس التنفيذي اعتبارا من 1 أكتوبر 2006 وانتقلت للعمل في نفس المنصب في شركة الاتحاد للطيران.
تمت تسمية أحمد الحمادي الرئيس التنفيذي بالوكالة حتى تم تعيين السويسري أندريه دوزيه الرئيس التنفيذي السابق لكروس إير وسويس إنترناشيونال إيرلاينز في 1 أبريل 2007.
بعد بضعة أيام أعلن عن ضخ 310 مليون دينار بحريني (825 مليون دولار أمريكي) ضمن خطة إعادة الهيكلة التي شملت منشؤها أو إنهاء جميع الرحلات الجوية في البحرين والكف عن الرحلات إلى جوهانسبرغ ودبلن وجاكرتا وسنغافورة وهونج كونج وسيدني.
بيعت فورا جميع طائرات بوينغ 767.
تم التخلص التدريجي من طائرات إيرباص إيه 340.
أدخلت طائرات إيرباص إيه 320 في يوليو 2007 وطائرات إيرباص إيه 330 في عام 2009 وانهاء خدمات الموظفين على أساس الأداء ودون مراعاة لجنسيته.
وأدى ذلك إلى تقدم بعض الموظفين لوظائف في شركات الطيران الأخرى وخلال أقل من شهر فقدت طيران الخليج 500 شخص من قوتها العاملة مما دفع الشركة لاستبعاد التسريح الجماعي كجزء من خطة انتعاشها إلا لأسباب تتعلق بالأداء.
في 6 مايو 2007 أعلنت حكومة البحرين الملكية الكاملة للطيران بعد انسحاب سلطنة عمان.
استقال أندريه دوزيه في 23 يوليو 2007 وحل محله بيورن ناف.
في 6 نوفمبر 2007 بدأت طيران الخليج الرحلة اليومية الثالثة دون توقف إلى مطار لندن هيثرو من البحرين.
في نفس اليوم أصبحت طيران الخليج مملوكة بالكامل لمملكة البحرين.
التسميات
طيران بحريني